V roce 2003 došlo k řadě změn na ZX-6R nebo ZX636 jak byl také tento model označován. Motor měl již vstřikování paliva a otáčky se zvýšily o cca 500 za minutu, což vedlo k mírnémunárůstu výkonu. Radiální čtyřpístkové brzdy nahradily předchozí šestipístkové a přední vidlice byla převrácena. Zlepšení podvozku vedlo k vyšší tuhosti a nižší hmotnosti.Novinkou byl také plně digitální přístrojový panel. Všechny další úpravy byly převedeny do modelového roku 2004 vč. několika barevných modifikací.Moto díly PP Tuning na Ninja ZX-6R/636 (2003–2004), stupačky, brzdové hadice, seřizovatelné brzdové a spojkové páčky, řídítka, padací protektory a ostatní díly jsou vyrobeny z mimořádně kvalitních materiálů, které zaručují velmi dlouhou životnost.
